En la campaña 2004/05 se introdujo la fase de grupos, con 40 equipos divididos en ocho grupos. En la campaña 2009/10 aumentó el número de participantes de la fase grupal, camiseta atletico de madrid 2022 llegando a 48 equipos divididos en doce grupos. El resultado fue el evidente de la mala gestión tanto económica como deportiva llevada a cabo por la directiva y el equipo acaba descendiendo a la Tercera División quedando último del grupo II.
